蕾贝卡的爷爷霍金斯教授被拉菲鲁绑架了，拉菲鲁给游戏留下了明日约战的纸条。游戏独自一人到来的死亡峡谷，接受拉菲鲁的挑战。

    被逼入绝境无计可施的暗游戏发动了‘奥利哈刚的结界’，‘蒂迈欧’因此消失。游戏意图借助“奥利哈刚的结界”的力量打败拉菲鲁。面对游戏的疯狂攻击，拉菲鲁终于召唤出了王牌怪兽‘守护者·艾托斯’。

    暗游戏败给了拉菲鲁，原本人格的游戏代替暗游戏被‘奥利哈刚的结界’夺取了灵魂。另一方面，一心想要变强的羽蛾和龙崎追着拉菲鲁的直升机。

    在无人列车的车顶，暗游戏开始和羽蛾的决斗。在荒野，城之内开始了和龙崎的决斗。为了复仇的羽蛾和龙崎，获得了‘奥利哈刚的结界’。

    城之内使用‘赫谟之爪’的力量和‘真红眼黑龙’结合，从而战胜了龙崎。另一方面，暗游戏使用‘蒂迈欧之眼’向羽蛾反击却发动不了，这时羽蛾作出了激怒暗游戏的举动而惨遭鞭尸。

    暗游戏和杏子遇到了神秘老人艾亚哈特，在他带领下来到了‘石之荒野’。在这个死灵之地，暗游戏遇到了原本人格的游戏。两个游戏开始了一场决斗。

    在‘石之荒野’，‘奥利哈刚战士’出现在暗游戏面前。面对拥有再生和强化能力的‘奥利哈刚巨灵’，暗游戏必须借助‘蒂迈欧’的力量。

    多玛三剑客之一的巴龙追求着孔雀舞。这时路过的蕾贝卡和御伽向巴龙发起决斗挑战。先攻的巴龙召唤出了攻击力0的盔甲怪兽。

    在海马兄弟乘坐的专用喷气式飞机上，亚美鲁达突然出现。海马和亚美鲁达的决斗再次开始。亚美鲁达召唤出了王牌怪兽‘魔空要塞’。这时喷气式飞机开始不稳定了。圭平跑去驾驶仓联系到矶野让人教他操纵方式。

    海马赢了亚美鲁达，操纵飞机，进行迫降。在最后关头因为海马想要保护弟弟圭平的信念，引发了‘奇迹’，三条龙共鸣现身帮助飞机进行迫降，使飞机平安降落。

    海马和游戏相会，调查到了达姿的身份是帕拉蒂斯公司的总裁。

    而另一边巴龙用摩托车把城之内一人引导过来，和情敌城之内的决斗终于开始了。

    城之内和巴龙的决斗持续着在城之内终于使出了‘赫谟之爪’，然而未能因此战胜巴龙。面对巴龙的盔甲怪兽，城之内也让怪兽和自身结合来应对。城之内穿上“真红眼黑龙”的盔甲化身成‘真红王’。

    城之内和巴龙的决定迎来最激烈的时刻，在一旁观看的孔雀舞也热血起来。城之内战胜巴龙后，马上对孔雀舞发起挑战！

    城之内和孔雀舞的决斗持续着，最后因城之内早已因与巴龙的对决而筋疲力尽输给了孔雀舞。

    孔雀舞战胜城之内后，打算脱离多玛而向拉菲鲁要见BOSS达姿。暗游戏等人来到多玛的大楼时，遇到的是被拉菲鲁打败后失去灵魂的孔雀舞。暗游戏乘电梯来到楼顶，这里等待他的是多玛三剑客最后一位——拉菲鲁。

    拉菲鲁使用了‘奥利哈刚的结界’强化了自己的‘守护者’怪兽并召唤出了王牌‘守护者·艾托斯’。防守住猛烈攻击后的暗游戏召唤出了‘咒符龙’消灭‘艾托斯’，这时拉菲鲁得以召唤出更加强大的‘守护者·戴思塞斯’。

    面对‘守护者·戴思塞斯’的不死能力，暗游戏不断使用‘黄泉天轮’的效果复活怪兽来防守。最后暗游戏选择复活‘守护者·艾托斯’对抗拉菲鲁，并赌上城之内的‘赫谟之爪’的能力。

    根据拉菲鲁所给的地图，得知了达姿的所在地，于是暗游戏、海马等人乘坐直升机来到了南方大海上的一个孤岛。岛上的暗黑神殿里存放着寄有败者的灵魂的石板。于是，暗游戏和海马对战达姿的决斗开始了。

    暗游戏和海马召唤出了‘

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